В месяцы, последовавшие за немецким вторжением, дивизия Захарова неоднократно уничтожалась, переформировывалась и снова уничтожалась. Сам генерал в это время одержал ещё три победы. Хотя он избежал участи быть расстрелянным, как многие из тех, на кого возложили ответственность за катастрофу начала войны, Захаров был отстранен от командования и направлен на переподготовку. В декабре 1942 года его, наконец, назначили командиром недавно сформированной 303 ИАД, в которую входили 18 ГИАП и 168 ИАП, летавшие на Яках, и 523 ИАП на JIa-5. Позднее 168 ИАП заменили 20-м ИАП и 9-м ГИАП, а также добавили французский полк «Нормандия». С этого момента большую часть времени Захаров уделял административной работе, но порой делал и боевые вылеты. В этих случаях он пользовался Ла-5 или Як-7, в зависимости оттого, с каким полком он летал. В начале 1943 года, когда пехота замучила его жалобами на разведчик Fw 189 «Рама», он вызвал к себе командиров 18ГИАП и 523 ИАП и ещё одного пилота, и они парами отправились на охоту. Захаров сбил одну «Рама», а вторая стала жертвой другой пары.
Многие советские генералы, командиры дивизий, тогда летали на боевые задания и стали асами, но лишь Захарову удалось взять в плен немецкого пилота. 13 июня 1944 года он прибыл на аэродром, где базировался 18 ГИАП, и откуда его командир, ас А.Е.Голубев, только что взлетел на перехват. На глазах у наблюдателей Голубев атаковал пару Bf 109, сбив один из них, а несколько мгновений спустя он отправил на землю Ju 88.
Увидев, что пилот Мессершмитта воспользовался парашютом, Захаров и ас И.А. Заморин вскочили в связной По-2 и полетели к месту приземления немца, чтобы не дать ему бежать. Они прибыли, когда вражеский пилот ещё был в воздухе, и приземлились следом за ним. Немец был взят в плен и разоружен, но По-2 застрял в грязи, и Захаров с Замориным заставили свой «трофей» помочь им вытащить хвост. Когда они вернулись на аэродром, Голубев доложил командиру о двух победах, и был очень удивлён, увидев пленника. В сентябре 1944 года, когда 18 ГИАП и «Нормандия» получили на вооружение Як-3; Захаров закрепил за собой одну из этих машин. Между тем, 139 ГИАП (ранее 20 ИАП) получил Як-9У.
В октябре дивизия Захарова была переброшена fe Восточную Пруссию, где она сражалась до конца войны. 16 октября 1944 года стало самым удачным для дивизии днем – было сбито 56 немецких самолётов без потерь со своей стороны. 18 побед одержал 18 ГИАП и 29 – «Нормандия». Всего в тот месяц дивизия уничтожила 184 самолёта, Захаров провёл свой последний бой 12 апреля 1945 года, всего он одержал 13 побед.
Официальная церемония передачи эскадрильи истребителей неизвестному подразделению. На борту самолета на переднем плане можно различить надпись «Курский колхозник».
18 ГИАП вёл происхождение от 6 ИАП, который в июле 1941 года был переброшен на фронт с Дальнего Востока и первые месяцы войны летал на истребителях Поликарпова. В начале 1942 года его разделили на два полка. Одному из них 7 марта было присвоено наименование 18 ГИАП, и сначала он был вооружен Як-1, а затем Як-7. Второй полк сохранил прежний номер 6 ИАП до июля 1944 года, когда его сменили на 149 ГИАП.
Первым командиром 18 ГИАП стал майор Сергей Иванович Чертов, в начале войны бывший комиссаром 6 ИАП – вообще «летающие» комиссары встречались довольно редко. В июле 1942 года Чертов одержал первую победу, а в августе – ещё три. Он командовал полком вплоть до октября 1942 года, когда произошла «рокировка» командирами с 523 полком. Оставшуюся часть войны Чертов летал ка истребителях Лавочкина, и в конечном счёте одержал 15 личных и семь групповых побед, из них не менее шести на истребителях Яковлева.